時は300X年―― 世界はマルハーゲ帝国皇帝、ツル・ツルリーナ4世により支配されていた。 ツル・ツルリーナ4世は己の権力の象徴として、全国民をボーズにするべく全世界に配置した毛狩り隊による“毛狩り”を開始する。 そんな暗黒の時代に一人の戦士が立ち上がる。 その男の名は、ボボボーボ・ボーボボ(加藤 将)！！ 鼻毛を自在に扱う≪鼻毛真拳≫の使い手であるボーボボは、人類の髪の毛の自由と平和を守るため、打倒マルハーゲ帝国を掲げ、日々毛狩り隊との戦いを続けていた。 旅の途中、謎の美少女・ビュティ(工藤晴香)と出会ったボーボボは、ハジケ村親分にして伝説のハジケリスト・首領パッチ(鯨井康介)、≪オナラ真拳≫の使い手・ヘッポコ丸（樋口裕太）、一度は敵として対峙したところ天の助(兎・ロングコートダディ)、≪バビロン真拳≫の使い手・ソフトンらと行動を共にし、毛狩り隊の基地を次々と制圧していく。 そんな彼らの前に立ちはだかる男がいた。 屈強な肉体にリーゼント頭で、異様な存在感を放つ 男――軍艦(成松 修)。 かつてはボーボボと共に鼻毛道場へ通った仲だが、毛の王国の人間ではないために鼻毛真拳を継承できず、さらに技を悪用したことで道場を追放されていた。 いまやマルハーゲ四天王の一人となった軍艦は、忠誠を誓う可憐な少女・スズ(岸 みゆ)と共にボーボボの行く手を阻むのであった。 「俺を認めさせてやる…！」 激しさを増す両者の衝突は、やがて仲間たちの運命をも巻き込んでいく。
　
ボーボボと軍艦《因縁の戦い》が幕を開ける！ 全国民の“毛の行く末”はいかに…！