時は300X年…世界はマルハーゲ帝国皇帝、ツル・ツルリーナ４世により支配されていた。

ツル・ツルリーナ４世は自分の権力の象徴として、全国民をボーズにするべく全世界に配置した毛狩り隊による”毛狩り”を開始する。

そんな暗黒の時代に1人の戦士が立ち上がる。

その男の名はボボボーボ・ボーボボ（加藤 将）！！
鼻毛を自在に扱う≪鼻毛真拳≫の使い手であるボーボボは人類の髪の毛の自由と平和を守るため、打倒マルハーゲ帝国を掲げ、日々毛狩り隊との戦いを続けていた。

謎の美少女少女ビュティ（工藤晴香）と戦いの旅に出たボーボボは、ハジケ村親分である伝説のハジケリスト首領パッチ（稲荷卓央）と出会い、死闘を繰り広げる、いつしかボーボボと首領パッチには友情が芽生え、戦いの旅には首領パッチも加わる。 旅を続ける中で、≪オナラ真拳≫の使い手であるヘッポコ丸（樋口裕太）、一度は敵として対峙したところ天の助（兎）、首領パッチを「おやびん」と仰ぐ、≪カギ真拳≫の使い手・破天荒（大澤駿弥）が仲間となり、さらに、ボーボボと闘うために毛狩り隊に所属し、その闘いを経て仲間となる≪バビロン真拳≫の使い手・ソフトン（小松準弥）も加わり、一行は毛狩り隊の基地を次々と制圧し、過酷な激闘の渦に巻き込まれて行く…